No início do século XIX decidiu-se renovar o interior. Os altares primitivos foram substituídos entre 1827 e 1828 com a talha de José de Cerqueira Torres, e a douração foi contratada em 1830 com Franco Velasco. Em 1833 a Ordem encomendou a Cerqueira Torres a confecção de castiçais, cruzes, ramalhetes e jarras para os altares, num total de 77 peças. Em 1834 José Rodrigues Nunes foi incumbido da pintura e douramento de 54 castiçais, 4 tocheiros, 7 cruzes e 16 jarras, da realização de 4 quadros grandes para as paredes, seis pequenos para os nichos dos altares, e da pintura em imitação de tela de ouro do fundo da capela-mor. Ao mesmo tempo, Cerqueira Torres foi novamente contratado para a realização de painéis e frontões entalhados para os altares. A igreja foi reconsagrada e reaberta em 4 de julho de 1835.
Na mesma época das reformas, a fachada foi toda recoberta de argamassa, considerada fora de moda, sendo esquecida sua decoração original por mais de um século. Em 1932, por acidente, foi redescoberta, quando um eletricista estava fazendo a instalação de luzes. Durante o trabalho, deu marteladas na fachada, fazendo cair parte do reboco. Em 1939 o IPHAN encaminhou o seu tombamento.
A igreja é precedida de um pequeno adro com cerca de ferro e pilares em alvenaria, ladeando um grande portal de pedra decorado com relevos e um frontão impositivo. A fachada, ricamente ornamentada com relevos, é um caso único no Brasil, remetendo, segundo o IPHAN, às decorações platerescas que tiveram uma voga na Espanha e suas colônias americanas. Ela tem apenas um similar, muito menos rico, na Igreja de Nossa Senhora da Guia, na Paraíba. Porém, a definição do estilo da fachada tem dado margem a controvérsias. O estilo plateresco é uma das ramificações do Maneirismo espanhol, mas alguns autores pensam que se trate de um exemplar tipicamente barroco, e outros a consideram alinhada à corrente churrigueresca.
Sua planta é um exemplo da transição entre a tradição franciscana do século XVII e o das matrizes setecentistas inspiradas na tradição jesuítica. No caso desta igreja, a forte declividade nos fundos do terreno exigiu uma solução nova, instalando a Sala da Mesa (consistório) sobre a sacristia, e esta sobre um ossário. A sacristia liga-se à nave por galerias guarnecidas com três arcadas de cantaria. Possivelmente elas eram abertas para o exterior na época de sua inauguração. Atualmente as arcadas no lado direito da capela‐mor se comunicam com o externo através do claustro, e as do outro lado se abrem para um bloco levantado a partir de 1770, usado como dependências de apoio, construído em virtude da crescente importância e prestígio da Ordem no século XVIII.
Pelo seu ineditismo no cenário arquitetônico brasileiro e pela sua e riqueza plástica e iconográfica, a fachada já foi objeto de atenção de vários historiadores. O nível térreo é vazado por três portas em arco redondo, sendo a central mais larga e alta. São fechadas por portas com almofadões em relevo. Sobre as duas laterais se abrem óculos elípticos. As pilastras assumem uma forma de quartelões (pilastras misuladas), com capitéis que ostentam mascarões e são coroados por volutas jônicas. Na aduela do portal do centro há um pequeno medalhão onde consta a data da construção e a inscrição SPPM, que significa "Ao seráfico Pai esta igreja foi construída merecidamente". Acima deste elemento, os torsos de duas sereias ladeiam uma coroa de espinhos com o monograma IHS, significando "Jesus Salvador dos Homens".
Este plano é separado do imediatamente superior por uma larga cornija decorada com relevos. Este bloco é muito mais ricamente ornamentado. Os quartelões se sustentam por volumosas mísulas, e seguem para cima com ornamentações em alto-relevo, mostrando na base carrancas (quartelões externos) e querubins (quartelões internos), sustentando atlantes, e terminam com novas mísulas fazendo as vezes de capitéis. As superfícies entre os quartelões são densamente ornamentadas com um intrincado padrão de motivos curvilíneos fitomórficos rodeando grandes coroas reais. Nas laterais se abrem duas portas de feitio retangular, diante das quais há sacadas de ferro trabalhado. Ao centro, num nicho está instalada uma estátua de São Francisco. Acima dele duas sereias sustentam uma coroa real, sobre a qual há uma grande carranca de feições felinas, e acima dela se posta uma águia, de cujo bico pende uma fita com a inscrição Per penitentiam coelo apropinquamus (pela penitência nos aproximamos do céu). Seguindo Percival Tirapeli, os dois atlantes que ladeiam o nicho têm características de divindades pagãs, e poderiam ser divindades fluviais, uma alegoria dos rios pelos quais as riquezas da província eram transportadas. Suas cabeças são adornadas com projeções que lembram asas, e poderiam simbolozar também Hermes, o deus dos comerciantes, uma vez que os comerciantes da capital baiana foram os principais financiadores da construção.
Uma outra cornija saliente separa o bloco recém descrito do frontão, também densamente lavrado, com um escudo do Reino de Portugal ao centro, ladeado de anjos em alto relevo e duas grandes volutas nas extremidades, sobre as quais se erguem pináculos. Ao centro, uma cruz arremata o conjunto. Disse Tirapeli que se trata de "obra singular da arte colonial nos trópicos, surgida da mescla de interesses e vontades de comerciantes mecenas e a criatividade e técnica de artistas locais, a fachada da Ordem Terceira de São Francisco da Penitência merece sem dúvida a atenção tanto de estudiosos quanto de apreciadores da beleza".
fonte:https://pt.wikipedia.org/wiki/Igreja_da_Ordem_Terceira_de_S%C3%A3o_Francisco_(Salvador)
